御本殿は「住吉造」といわれており、神社建築史上最古の特殊な様式で国宝に指定。3つの特徴からなります。

1) 柱・垂木・破風板は丹塗り、 羽目板壁は白胡粉塗り
2) 屋根は桧皮葺で切妻の力強い直線
3) 出入り口が直線型妻入式

屋根には置千木と5本の四角堅魚木があります。周囲に迴廊なく、本殿の周囲には板玉垣、その外に荒忌垣があります。
柱は太い丸柱で礎石の上に立っており、柱間は横板張りで、正面より前が外陣、奥が一段高い内陣と二室あります。